「我只是一個女人，我所做的是每個母親在家裡都會做的事。」【孫理蓮】
1947年，加拿大長老教會的宣教牧師孫雅各，偕同妻子孫理蓮，再度踏上飽受戰火摧殘的臺灣。這一次，孫理蓮決定不再滿足於只當丈夫的賢內助，人們眼中的「孫師母」，而是走出一條自己的「宣教母親之路」。
第一個亟待她去的地方，就是收容痲瘋病患的樂生療養院。在她到達之前，連續三個禮拜，共十位對生命絕望的病患厭世自盡，而活著的，正在吃不飽、穿不暖、無人問津的邊緣喘息。孫理蓮的到來，不但補足了食物資源，也豐富了他們的精神生活。
在當時，痲瘋病人所生的孩子必須接受隔離，無法與父母同住，孫理蓮為這些孩子設立「安樂之家」，為病患安排親屬相聚的時間，彌補天倫之樂。為了進一步幫助痊癒者自立，她親自奔回美國募款，1954年成立「職業治療室」與「希望之家」。同年，為了讓慈善事業運作更完善，向美國加州政府申請立案，正式成立「基督教芥菜種會」。
臺灣盲胞也是孫理蓮關懷的對象，在「美國海外盲人基金會」資助下，她在全臺各地開設7間眼科診所，免費替病患檢查、開刀、治療；1951年，更協助創設新莊「臺灣盲人重建院」，這個機構不但教導盲人自理生活，還指導他們各種謀生技能。
1947年後，臺灣政治局勢在對岸的壓力下，草木皆兵，舉凡遇到警察臨檢，拿不出身分證者，馬上被拘役，超過三個月無人保釋，馬上淪為階下囚，其中有許多無辜青少年，無端被牽連下獄。看在眼裡，疼在心裡的孫理蓮，不但自願擔任保證人，兩年內保釋了250位青少年，還設法使他們與家人團聚，更為其中無家可歸的孩子建立「兒童之家」（1953年）、「兒童之家別館」（1955年）。
1960年，又為臺北地區流浪、蹺家的孩子設立「少年之家」，溝通他們與家長間的衝突、輔導升學與就業問題。1988年，「少年之家」搬遷至花蓮，更名為「花蓮少年之家」，至今仍持續收留經法院判定保護管束的孩子與中輟生。
一向為臺灣弱勢族群的原住民，更是孫理蓮著力的重點。她進入各部落，發現舉目所見，物質環境惡劣，更伴隨著居高不下的嬰兒死亡率，與嚴重流行的肺結核。1956年，與謝緯醫師、徐賓諾護理師（挪威籍Bjarne Gislefoss）在埔里建立免費為原住民看病的「山地基督教中心診所」（為今「埔里基督教醫院」前身）；並陸續與傳教士、醫師，在南投鯉魚潭、花蓮、臺東關山等地協力組成肺病療養院，長期照顧原住民病患。
為了照護原住民的母親與嬰兒，1961年則在花蓮成立「瑪利亞產院」，聘請訓練有素的助產士、護士妥善照顧原住民產婦，不但免費入住，退院時還贈送嬰兒衣飾。為了進一步幫助原住民青年脫離失業，孫理蓮開辦習藝所，女孩入「護理訓練班」，男孩則進「義工學校」，學習農漁業、木工、汽車修護等技術。
1957年，臺灣嘉義、臺南濱海鄉鎮出現一種俗稱「烏腳病」的怪病，患者因雙足發黑、壞死，逐漸蔓延至整個下半身，最後必須截肢，患者經常在劇痛折磨下哀嚎不已。1960年，孫理蓮為他們在臺南縣北門鄉成立「憐憫之門」，直到政府接手前，提供烏腳病患者免費醫療與就業救助。
孫理蓮一生為臺灣設立的救助機構不勝枚舉，「聞聲救苦」的精神，哪裡有需要就往哪裡去的寫照，正應驗了當年她回覆給未婚夫孫雅各的信。當時結婚在即的孫雅各，忽然接到教會指令，要他到一個從沒聽過的小島去傳教，臨行前他問了未婚妻的意思，孫理蓮告訴他：「人生只有一次，讓我們到最需要的地方去！」。
王秀雲，〈芥菜種傳道會創辦人──孫理蓮〉，收入鄭至慧等著，《女人屐痕Ⅱ：臺灣女性文化地標》（臺北：草根出版，2008年），頁66－79。
李貞德，〈從師母到女宣──孫理蓮在戰後臺灣的醫療傳道經驗〉，《新史學》，卷16期2（2005年6月），頁95－151。
葉子豪，〈盡一位母親的所能，去愛：孫理蓮與芥菜種會〉，收入經典雜誌編《臺灣慈善400年》（臺北：經典雜誌，2006年），頁158－171。
花蓮少年之家
財團法人臺灣盲人重建院
基督教芥菜種會
