1996年12月，由於婦運健將彭婉如遇害，婦女團體舉辦「女權火照夜路大遊行」，促使「性侵害犯罪防治法」快速通過；緊接著，教育部在1997年3月7日，成立「兩性平等委員會」，從事兩性平等議題相關工作的策劃、執行及督導，將兩性平等教育列為全國教改政策。同時，設置大學到小學的校園性騷擾申訴管道，並確保通報流程，以保護校園男、女學生的人身安全。昔日積極推動兩性平等教育的民間婦女團體、大專院校研究室，以及少數學者專家，自然也都成為委員會的主要成員。
「兩性平等教育委員會」，分成五個小組：（一）師資與教學小組；（二）課程與教材小組；（三）研究發展、資料蒐集與評估小組；（四）申報與危機處理小組；（五）社會與親職教育小組。企圖以細緻的規劃與分工，全面落實兩性平等教育。
在民間委員會的努力下，兩性平等教育議題的能見度與普遍性，被大大提升；且全面推動兩性教育的教材開發、課程設計、師資培訓，以及校園空間安全的維護、性騷擾／性侵害的防治等多元議題。此外，為使性別平等意識能往下紮根，乃將中小學的兩性教育納入九年一貫課程裡，又積極促使大專院校增開性別相關課程，建立安全無敵意的校園。
最重要的是，在2000年1月，委員會委託學者專家研擬「兩性平等教育法」草案。期間，發生屏東國中男學生生葉永誌事件，引發委員會注重性傾向、性別特質、性別認同等概念，2002年，便將「兩性平等教育法」改為「性別平等教育法」。2004年6月，「性別平等教育法」通過後，依此法源，同年9月，兩性平等委員會更名為性別平等委員會。
兩性平等委員會初成立時，為了發展兩性平等教育的論述，與記錄本土的經驗，自1998年2月起，出版《兩性平等教育季刊》，著力在性別平等教育相關學理與研究的介紹、政策宣導、教育經驗的傳承、教育成果的分享。最大特色是，聘請各大專院校的性別研究學者擔任主編，以校園實務與本土教育經驗為主軸，規劃性別平等教育、性別議題之專輯，使得《兩性平等教育季刊》充分達到分享經驗、傳遞資訊、鼓勵本土研究的深化，與實務工作的開發等目的，並且為臺灣兩性平等教育工作推動留下最完整的記錄。
2004年，「性別平等教育法」通過後，《兩性平等教育季刊》也自第27期開始，改名為《性別平等教育季刊》，每一期季刊的內容都張貼在教育部性別平等資訊網站上，成為各級學校性別平等教育課程最佳的補充教學資源。
李元貞，〈臺灣婦運──百草千花的躍動〉，《國史館館刊》，期34（2003年6月），頁3－15。
蘇芊玲，〈臺灣推動兩性平等教育的回顧與前瞻〉，《兩性平等教育季刊》，期14（2001年2月），頁13－18
電話訪問：潘纓花，〈電話訪問教育部訓委會高瑞蓮：兩性平等委員會更名性別平等委員會、兩性平等教育季刊更名為性別平等教育季刊等事宜〉。時間：2007年10月27日。
教育部性別平等教育全球資訊網
