在歷經「新知家變」、「臺北市公娼事件」後，脫離了主流婦運的王蘋，集結了相同理念的夥伴，在1999年5月9日 成立臺灣性別人權協會。他們的成員有同性戀者、多性戀者、性異議分子、性工作者、性別運動者、愛滋運動者、人權工作者、學生、老師、律師，其共同理念是認同性別弱勢或性別少數，拒絕「女／男」單一標準。他們希望透過集體的力量，開展各種新的弱勢性別資源和思維，讓性別人權的觀念普遍化。
臺灣性別人權協會，除了繼續與日日春聯盟推動性工作合法、反對性／別歧視運動、性產業公投訴求、人權侵害問題之外，更聯合同志團體帶動臺灣同志公民運動，如臺北同玩節、發表同志人權報告、同志彩街遊行。此外，更與國際男女同性戀人權委員會（IGLHRC）合作，主辦「性別人權運動組織訓練營」；進入校園參加「GLAD校園同志甦醒日（Gay & Lesbian Awakening Day）」，舉辦全國性拉子影展，及國際性團體舉辦「女同志組織者訓練營」。
為了讓社會關心性別議題，性別人權協會每年都會舉辦「十大性權記者會」，挑出十件侵犯性權的事件，加以分析檢討。2002年，性別人權協會與其他民間團體一同加入「個人資料保護聯盟」，到行政院抗議強制性全民健保IC卡，至內政部抗議「強制性指紋建檔」的政策；更進一步涉入體制內改革，致使國防部將考慮規劃軍中人權教育，並更改同性戀參與憲兵甄選的禁令。
臺灣性別人權協會也與多個同志、跨性別、婦女及人權團體，共同推動修法爭取同志權益，如「《兩性工作平等法》正視多元性別特質修法保障工作權益」、同志婚姻權立法。緊接著，他們又將觸角伸到到政治面，與臺灣同志諮詢熱線協會人權小組組成「2006選舉同志觀察團」，發起問卷調查，推薦友善候選人，呼籲政治人物重視同志人權，和積極落實同志政策。
最近，他們也跨出性別人權的領域，與各種社運團體聯盟，組成彩虹小隊參加聲援保留樂生教養院大遊行。隨著臺灣婦運發展的變化，主流、非主流的界線早已模糊，爲實踐社會正義，婦女團體也開始與其他社會運動連結。相同地，臺灣性別人權協會也走出當年邊緣的位置，與社運團體爲臺灣人權一起打拼。
